Родился 22 августа 1894 года в армянском селении Аджикент, вблизи Карса. Его отец, дорожный техник, Степан Егорович Исаакян, русифицировал фамилию на «Исаков». Он рано умер, и воспитанием троих детей занимались мать Ида Антоновна Лауэр, родом из Дерпта (Эстония), и ее брат Петр Лауэр.
П.А. Лауэр был инженером-технологом, но мечтал о службе на флоте, а его библиотека морской литературы заложила в Иване Исакове ту любовь к морскому делу, которая сохранилась на всю жизнь.
Исаков (Исаакян) Иван (Ованес) Степанович – генеральный инспектор Группы генеральных инспекторов Министерства обороны, Адмирал Флота Советского Союза.
В 1913 году поступил в Петербургский технологический институт, но с началом Первой мировой войны, 15 сентября 1914 года поступает в Отдельные Гардемаринские классы, которые оканчивает в марте 1917 года и в звании мичмана получает назначение на эскадренный миноносец “Изяслав” на должность ревизора.
Осенью 1917 года И.С. Исаков избирается командой старшим офицером. Участвует в Ледовом походе Балтийского флота 1918 года. Затем служит на тральщике “Рига”, канонерской лодке № 1, и отзывается на курсы командиров траления и заграждения.
По окончании курсов, с июля 1919 года – старший помощник командира сторожевого корабля “Кобчик”, принимавшего участие в отражении нападения английских торпедных катеров и авиации на корабли в Кронштадте.
В марте 1920 года И.С. Исаков назначен флагманским специалистом по тралению и заграждению и одновременно командиром эсминца “Деятельный” Каспийской флотилии. Участвовал в боях на Каспийском море против белогвардейцев и английских интервентов.
С июня 1920 года Исаков И.С. на Балтийском флоте, командир тральщика “Якорь”, осуществлявшего траление в Финском заливе. С ноября 1922 года на штабной работе, позже командовал эсминцем на Чёрном море.
С 1926 года помощник начальника штаба, начальник оперативного отдела, заместитель начальника штаба морских сил Чёрного моря. В 1928 году он окончил курсы усовершенствования высшего начальствующего состава при Военно-морской академии.
В 1930-36 годах – помощник начальника отдела оперативного управления Генерального штаба, старший преподаватель Военно-морской академии, начальник штаба Балтийского флота.
В 1933 году И.С. Исаков возглавлял экспедицию особого назначения по переводу кораблей с Балтийского на Белое море по Беломорско-Балтийскому каналу.
В январе 1937 года он назначен начальником штаба, в августе того же года флагман 2-го ранга Исаков И.С. становится командующим Балтийским флотом.
С января 1938 года он заместитель, с апреля 1939 года по апрель 1946 года 1-й заместитель наркома ВМФ (одновременно по совместительству с июня 1938 года по август 1939 года начальник Военно-морской академии), а с начала 1941 года по 1943 год и начальник Главного морского штаба.
С начала Великой Отечественной войны, находясь в городе Ленинграде, координировал боевые действия Балтийского флота, Ладожской и Чудской флотилий с сухопутными войсками при обороне города.
В октябре 1941 года вместе с командованием Черноморского флота и Закавказского фронта подготавливал десантную операцию на Керченский полуостров. С апреля 1942 года заместитель главнокомандующего и член Военного совета Северо-Кавказского направления, затем Северо-Кавказского фронта.
Координировал действия Черноморского флота и сухопутных войск, руководил снабжением Севастополя. С августа 1942 года заместитель командующего и член Военного совета Закавказского фронта. Принимал участие в руководстве действиями сил Черноморского флота и Каспийской флотилии в битве за Кавказ.
4 октября 1942 года был тяжело ранен при бомбежке на Гойтхском перевале, близ Туапсе. С октября 1942 года по 1945 год – на излечении после ампутации ноги…
31 мая 1944 года И.С. Исакову присвоено воинское звание “адмирал флота”.
В 1946-47 годах адмирал флота Исаков И.С. начальник Главного штаба ВМФ СССР, в 1947-50 годах заместитель главнокомандующего ВМФ СССР. С марта 1950 года по февраль 1956 года в отставке, был заместителем министра Морского флота СССР.
3 марта 1955 года Ивану Степановичу Исакову присвоено высшее воинское звание “Адмирал Флота Советского Союза” с вручением знака отличия “Маршальская звезда” и особой Грамоты Президиума Верховного Совета СССР.
С февраля 1956 года по апрель 1958 года Адмирал Флота Советского Союза Исаков И.С. вновь на ответственных должностях в центральном аппарате Министерства обороны СССР. С апреля 1958 года он генеральный инспектор Группы генеральных инспекторов Министерства обороны.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 7 мая 1965 года “за умелое руководство войсками, мужество, отвагу и героизм, проявленные в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками, и в ознаменование 20-летия Победы советского народа в Великой Отечественной войне” Адмиралу Флота Советского Союза Исакову Ивану Степановичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали “Золотая Звезда” (№ 10685).
Много сил и энергии И.С. Исаков отдал дальнейшему повышению боевой мощи ВМФ СССР, развитию его оперативного искусства и тактики, изучению и обобщению опыта Великой Отечественной войны. Он автор свыше шестидесяти научных работ.
При его непосредственном руководстве были подготовлены и изданы два тома “Морского атласа”. Депутат Верховного Совета СССР 1-го созыва. Лауреат Государственной премии СССР (1951 год). Член-корреспондент АН СССР (1958 год). Скончался 11 октября 1967 года. Похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище.
Награждён 6 орденами Ленина, 3 орденами Красного Знамени, 2 орденами Ушакова 1-й степени, орденами Отечественной войны 1-й степени, Красной Звезды и медалями, а также иностранными орденами.
За заслуги перед ВМФ имя И.С. Исакова было присвоено большому противолодочному кораблю. Его именем названы улица в городе Степанакерт (Нагорный Карабах), совхозы в Мартунинском районе и Мардакертском районе Нагорного Карабаха, школа № 132 в столице Армении – городе Ереване.
Мемориальная доска в память о выдающемся советском флотоводце и учёном установлена в Москве на доме № 5/13 по Смоленской набережной, где он жил.
