Монастырь Шатин был основан в 929 году на склоне горы, возвышающейся над левым берегом реки Ехегис, Вайоц-Дзорской области Армении.
Согласно летописцу Степаносу Орбеляну, монастырь основал епископ Сюникской земли Тер-Акоп. В монастыре сохранились литографии X-XV вв. и их фрагменты.
После XV века монастырь приходит в упадок и, как отмечается в армянских летописях, вероятнее всего разрушается, поскольку в XVII веке на его месте строится новый монастырь.
Сохранившаяся сегодня церковь-базилика Святой Сион с двумя Т-образными подпирающими стойками, полукруглым алтарем и двухскатной крышей была построена в 1655 году из базальта.
Меценатом строительства был купец Акоп из Джуги (Джугаеци), чьим именем назван мраморный хачкар – камень-крест, установленный над западной дверью храма.
Во второй половине XVII века конгрегация монастыря приняла решение избрать самый строгий род монашеской жизни – отшельнический, и преобразовала монастырь в пустынь.
В XVII веке историк Закариа Саркаваг (Дьяк) пишет, что монахи Шатина обратились к помощи основателя монастыря Ованаванк епископу Ованессу с просьбой утвердить регламент в соответствии с их решением об отшельничестве.
В позднее средневековье благодаря своей географии монастырь стал крупнейшим религиозно-культурным центром региона Сюник. Здесь существовала и школа подписной рукописи.
