Внешняя стена Гандзасара. 2005 год. Надпись на армянском на табличке — «Церковь была обстреляна 29 октября 1992 года. Невзорвавшийся снаряд. Руками не трогать»
В результате преднамереной бомбардировки азербайджанской дальнобойной артиллерии и военной авиации монастырь в ходе Карабахского военного конфликта в 1991—1994 сильно пострадал.
20 января 1993 года монастырь был подвергнут ракетным ударам с воздуха, в результате чего серьёзно повреждён главный храм комплекса и разрушено монашеское здание. В настоящее время монастырь в целом восстановлен, ведется строительство учебного комплекса семинарии.
16 октября 2008 года в Нагорном Карабахе прошла «большая свадьба»: из 687 пар, 550 обвенчались в соборе Казанчецоц, a остальные 137 — в монастыре Гандзасар.
11 июля 2010 года исполнилось 770 лет со дня создания монастыря. Руководство и духовенство НКР подготовило к этом случаю большой праздник. Паргев Мартиросян — руководитель Арцахской Епархии ААЦ отслужил литургию в соборе Св. Иоанна Крестителя, в Степанакерте была проведена выставка работ, посвященная Гандзасару, в монастыре и столице НКР Степанакерте выступали культурные коллективы, было приглашено много высоких гостей как из Армении и зарубежных стран.
