В 40-х гг. XI века Армения, как мы видели, подпала под господство Византии. Однако оно оказалось недолговечным. Вскоре в Армении появились турки-сельджуки среднеазиатские кочевые племена, которые за короткое время завладели огромными территориями и создали крупную державу.
Свой первый поход против Армении турки-сельджуки предприняли в 1048 году. Грабительская армия сельджуков, не встречая серьезного сопротивления, заняла и разорила-многие области страны. В 1049 г. сельджуки снова вторглись в Армению. Захватчики истребили десятки тысяч людей опустошили множество селений.
Они захватили и до основания разрушили находившийся недалеко от Карина торговый город Арцн, предав мечу его население. В том же году во время сражения, происшедшего в Басене, потерпели тяжелое поражение византийские войска. Сельджуки разграбили и беспощадно разрушили большое число городов, поселений и деревень.
После сражения в Басене Византия, устрашенная селвджукской опасностью, несколько смягчает свою политику в отношении Армении: облегчает налоговое бремя, ряду крупных армянских феодалов разрешает вернуться на родину,, возвращает им поместья, ослабляет религиозные преследования.
Этой запоздалой попыткой она пыталась использовать, силы армян, чтобы предотвратить дальнейшее продвижение-сельджуков. Подобную политику Византия проводила и в отношении Грузии.
Третий сельджукский поход был совершен под руководством султана Тугрил-бека в 1054 году. Войска султана рассеялись по всей стране и разорили многие области. В некоторых местах им было оказано героическое сопротивление-Войска Ванандского царя Гагика, вступив в сражение с сельджукскими ордами отбросили их от подступов к городу Карсу. Еще более упорным было сопротивление жителей Маназкерта.
Укрепив свой город, маназкертцы около месяца вели борьбу не на жизнь, а на смерть с огромной армией Тугрил-бека. Каре и Маназкерт выстояли и не сдались, но страна подверглась страшному разрушению и грабежу.
Вследствие повторяющихся нашествий сельджуков часть армян переселяется в другие страны, многие покидают равнины и удаляются в горные районы; армянское население плодородных районов значительно редеет, ослабляется их обороноспособность.
Новый крупный поход совершает преемник Тугрил-бека султан Алп-Арслан в 1064 году. За короткое время ему удается подчинить своей власти царства Лори и Сюник, захватить и разорить Ани (1064) и Араратскую равнину.
О своей покорности Алп-Арслану заявляет и Гагик царь Карса. Таким образом, в 1064-1065 гг. сельджукский султан завладевает Араратской областью, Сюником, а также Агванком и Восточной Грузией. В 1071 г. Алп-Арслан предпринимает поход в Южную Армению и восточные провинции Византии.
В августе того же года в кровопролитном сражении при Маназкерте огромная византийская армия терпит крупное поражение и, понеся большие потери, обращается в бегство. Битва при Маназкерте имела роковое значение для Армении. Согласно заключенному после нее мирному договору к сельджукам отошли центральные районы Армении, а также ряд восточных областей Малой Азии. Так над большей частью Армении установилась власть сельджуков.
Во время царствования преемника Алп-Арслана Мелик-шаха (1072-1092) государство сельджуков стало еще сильнее. Однако спустя два-три десятилетия после смерти Мелик-шаха оно распалось на ряд независимых княжеств-эмиратов, ведших частые междоусобные войны.
В Армении образовались Анийский, Двинский, Карсокий, Хлатский и Карийский эмираты. В этих главным образом равнинных районах страны с течением времени обосновались кочевники-сельджуки, вытесняя из родных областей многих коренных жителей.
Сохранившиеся армянские княжества в Вананде, Сюнлке, Лори и др. ,в XI-XIII вв. вели неравную борьбу против сельджукских эмиратов. Сасуяское и Ахта-марокое княжества сумели сохранить независимость, а Сюникское и Ванандское царства после длительной борьбы подпали под власть сельджуков. Большая часть княжества Лори в 1110-1123 гг, была присоединена к Грузии.
В период сельджукского господства армянский народ находился в чрезвычайно тяжелом положении. Плодородные поля превратились в пастбища, земледелие и садоводство в значительной степени уступили место кочевому скотоводству, были разрушены многие города, в том числе Ани, Двин, Карин, Ван. Экономической и культурной жизни страны был нанесен сильный удар.