Арцруни Андреас Еремеевич происходит из знатного армянского рода Арцруни, игравшего довольно крупную политическую роль в Армении и в Византии. Его отцом был генерал-майор Кавказской армии Арцруни Еремия Георгеевич.
В детстве Арцруни воспитывался в Германии. В 1863 году окончил курс в Тифлисской гимназии. Слушал лекции в Санкт-Петербургском и Дерптском университетах, в последнем окончил курс, после чего закончил своё образование в Гейдельбергском и Берлинском университетах.
Арцруни был сперва ассистентом при минералогических кафедрах в Берлине, Бреславле и Страсбурге, затем приват-доцентом в Бреславле. В 1883 году получил звание профессора минералогии Бреславского университета, а в 1884 году — профессора минералогии Ахенского университета, кафедру которого Арцруни занимал до самой смерти.
Он преподавал в Берлинском, Ахенском и Бреславском университетах. Арцруни состоял почётным членом Петербургского минералогического общества и членом-корреспондентом Петербургской академии наук.
С 1874 года Арцруни почти ежегодно совершал экспедиции в различные места Кавказа, хорошим знатоком которого он был. В 1894 году совершил восхождение на Малый Арарат и впервые исследовал его кратер. Три раза Арцруни переносил свои минералогические и геологические исследования на Урал.
Там им исследовано значительное количество русских минералов. По поручению Минералогического общества произвёл геологические исследования в Сысерти и Невьянске. В июле 1897 года, во время пребывания в Златоусте на VII сессии Международного геологического конгресса, побывал на Таганае и ознакомился с минералогическими копями Назминского хребта. Также он побывал в ряде европейских стран, Британской Гвиане, Боливии, Чили, Египете и других странах.
В поездках по миру Арцруни изучал не только минералогию и геологию, но и проводил экономические и этнографические исследования. Арцруни была написана масса работ в области геохимии, кристаллохимии, минералогии, петрографии, а также экономики, философии, этнографии и литературы.
Его работы были напечатаны в различных немецких и русских научных периодических изданиях. Многие статьи Арцруни были напечатаны в известной армянской газете «Мшак», издававшейся в Тифлисе его братом Григорием Арцруни.
Наиболее ценным вкладом в науку является его сочинение «Physikalische Chemie der Krystalle», напечатанное в Брауншвейге в 1893 году. Арцруни описал в данной книге ряды изоморфизма в геохимии, выделив десять важнейших изоморфных рядов элементов.
Арцруни основал минералого-геологический отдел Кавказского музея в Тифлисе и Уральское минералогическое общество. Его именем назван минерал арцрунит — двойная соль сульфата свинца и хлорида меди, а также Геммологический центр «Арцрунит», основанный в сентябре 1997 года при кафедре минералогии, петрологии и геохимии факультета геологии Ереванского государственного университета.
